Le bogomilisme est inspiré par le gnosticisme chrétien, le manichéisme perse et le paulicianisme. Le bogomilisme est dualiste : pour lui le monde est gouverné par deux principes, le Bien et le Mal, Dieu et le Diable. Tout le monde matériel, y compris le corps, est considéré comme l’śuvre du Diable, et donc voué au Mal. Seule l’âme est l’śuvre de Dieu. En conséquence, ils rejetaient les rapports sexuels, le mariage, et menaient une vie ascétique, s’abstenant en général de manger de la viande et de boire du vin.

Les bogomiles rejetaient l’Ancien Testament, et étudiaient seulement les Évangiles, en particulier celui de Jean, les Actes des apôtres et les Épîtres de Paul. Ils rejetaient l’Église, considérée comme appartenant au Monde (et donc au Diable), l’accusant d’être corrompue. Ils rejetaient également les sacrements. La prière était considérée comme une activité avant tout personnelle. Les bogomiles reconnaissaient cependant des guides spirituels, les « Parfaits », ceux des croyants qui avaient été particulièrement exemplaires et ascétiques.